L'archivage des factures transmises par voie électronique
Pour la dématérialisation fiscale de la facture, le processus en amont est aussi important qu'en aval, et il faut prendre en compte toute la partie archivage et conservation. Les factures transmises par voie électronique doivent être conservées dans leur format original pendant le délai de reprise (année en cours et trois années précédentes) sur support informatique, puis pendant trois ans sur un support au choix de l’entreprise.
L'impression sur papier ne constitue bien évidemment pas une facture d'origine. Rappelons qu'en raison de la prescription du droit commercial (article L. 110-4 du Code de commerce), les entreprises ont l'obligation de conserver leurs factures pendant un délai de dix ans. Le non-respect de l'article L. 441-3 du Code de commerce relatif à la facture constitue un délit pénal, prescrit par 3 ans.
Attention : en cas de défaillance de l'archivage, c'est l'ensemble de la dématérialisation des factures qui est susceptible d'être remis en cause par l'administration fiscale. La réglementation impose pour l’archivage une distinction stricte entre les différents clients des prestataires techniques (indépendance des factures par assujetti, client du prestataire), afin de garantir l'indépendance des données entre émetteurs (et éventuellement les récepteurs).